Plasmid-EZ よく聞かれる質問

• 濃度：20～200 ng/µL
• 最小容量：10 µL
• 溶媒：水またはElution Buffer
• 推奨純度：
  • 260/230 比：2.0～2.2
  • 260/280 比：1.8～2.0

• マイクロ遠心チューブ
• 密封済み 96 ウェルプレート
• キャップ付き PCR ストリップチューブ

• Plasmid DNA prep と Plasmid EZ を同時にご依頼の場合は、最低 15 µLをご用意ください。
• 当社では、プラスミド DNA 受領後に直鎖化（linearization）を行い、その後ライブラリ調製およびシーケンスを実施します。

• NanoDrop® は dsDNA と ssDNA（オリゴや dNTP）を区別できず、dsDNA 量を過大評価する可能性があるため、Qubit の使用を推奨します。

• Qubit をお持ちでない場合は NanoDrop を使用しても構いませんが、その場合は設定濃度の範囲（20–200 ng/µL）で高めの濃度に調整して提出してください。

• 0.2 mL の 8 連 PCR ストリップチューブとキャップを使用してください。
• 未使用のチューブは切り離して、次回以降に再利用できます。
• GENEWIZ のオンライン注文システムでは、お客様のイニシャルとサンプル番号を用いたチューブ IDが割り当てられます（下図参照）。
• これらのIDを、油性ペンでチューブ側面に記載してください。
• チューブ側面には、必ずお客様のイニシャルとサンプル番号を記載してください。
• これらは注文書の内容と一致している必要があります。

• 96 ウェル・セミスカート付き PCR プレートの使用を推奨します。
• 各ウェルは 8 連キャップで密封してください（プレートとは別売りの場合があります）。
• キャップが確実に密閉されていることを必ず確認してください。

• セミスカート付きプレートは、輸送中の反りを防ぎ、キャップ外れを減らします。
• 輸送時には、破損防止のため必ず緩衝材を使用してください。
• サンプルは、右図のように縦方向（カラム）に配置してください。

• 最大 25 kb までのプラスミドをシーケンス可能です。
• 25 kb を超える場合は、事前に dnaseq.jp@azenta.com へご相談ください。

• いいえ。
• 本サービスはクローン由来の単一プラスミド集団を対象としています。
• プラスミドプールや混合物を提出した場合、シーケンスおよび解析結果は保証されません。

• dnaseq.jp@azenta.com までご相談ください。

• いつでも提出可能です
• 当日解析の対象となるには、午前中に当社施設へ到着する必要があります
• 情報が不完全なプロジェクトは次回サイクルに回される場合があります
• 結果は、1~3 営業日で納品されます

• サンプルタイプ：精製プラスミド DNA
• サイズ：最大 25 kb
• 濃度：20～200 ng/µL（最小容量 10 µL）
  • 濃度測定は Qubit 推奨
  • NanoDrop 使用の場合は、範囲内で高めに調整して提出してください
• 純度（A260/280）：1.8～2.0
• バッファー：水、EB、低濃度 TE（EDTA < 0.1 mM）

• 注文書（Order Receipt）とサンプルをジップ袋へ同封
• ドロップボックスの場所は dnaseq.jp@azenta.com へお問い合わせください

• 注文書に記載の GENEWIZ(アゼンタ)日本ラボへ発送
• 常温・送料無料で発送可能

• 注文時に、最寄りのドロップボックスを選択します。
• チェックアウト時の注文概要のページに、選択したドロップボックスの当日の締切時刻が表示されます。
• 締切に間に合わない場合は、直接発送してください。

見積を取得することなく、数分で PCR-EZ を注文できます。ウェブサイトにアクセスし、オンラインアカウントにログインして注文してください。

注文の推定納期は、オンラインアカウントのOrder Summary ページからいつでも確認できます。本サービスは迅速な納期で結果を提供しているため、QC、ライブラリ調製、シーケンス、データ解析の各工程に関する詳細な進捗情報（例：タイムスタンプ）は提供していません。解析日の午前到着で最短で1営業日で納品します。

解析スケジュール（週3回：月･火・水）に従い実行します。解析日の午前到着で最短で1営業日で納品します。

いいえ。迅速・低コスト提供のため サンプル QC は行いません。提出前に 50 ng/µL に調整してください（Qubit™ や PicoGreen™ などの dsDNA 定量アッセイの使用を推奨）。

• はい。Plasmid-EZ 注文時に追加サービスとしてプラスミド調製を選択できます。
• 両サービスを利用する場合、2 µg 以上（濃度 > 100 ng/µL）のプラスミド DNAが必要です。
• 上流工程として、菌コロニーまたはクローン由来グリセロールストックを提出できます。

• 複数のプラスミドコピーが相同組換えにより結合し、繰り返し配列を含むマルチマー構造を形成することがあります。この現象はプラスミドマルチマー化と呼ばれます。
• Plasmid-EZ は、非常に長いリードを生成するため、プラスミド内の大きな繰り返し配列を検出でき、マルチマー検出に有効です。
• ただし、マルチマーが高比率で存在する場合、ミスアセンブリの原因となることがあります。

• インタラクティブレポート
• コンセンサス配列（FASTA）
• RAW リード（FASTQ）
• GenBank ファイル
• ab1 ファイル
• バリアーションファイル
• アノテーションファイル（プラスミドマップ含む）

• リファレンス配列を提出した場合は、アラインメントファイルおよび差分を示す variation ファイルも提供されます。

• 解析完了後、注文完了メールが送信されます。
• GENEWIZ アカウントにログインし、注文の「view results」タブからデータをダウンロードしてください。
• 結果は ZIP ファイルとして提供されます。

• すべてのカスタムバイオインフォマティクス解析は、技術相談後にケースバイケースで対応します。
• ご質問は dnaseq.jp@azenta.com までお問い合わせください。

• 少なくとも 10× カバレッジのコンセンサス配列が得られない場合、その原因は以下である可能性があります。
  • 必要濃度で調整されていない
  • プラスミドが混合している
  • DNA の劣化・断片化
• 最良の結果を得るため、推奨サンプル提出ガイドラインに従ってください。

シーケンスデータの結果は保証されません。処理上のエラーが発生した可能性があると考えられる場合は、当社までご連絡ください。ケースごとに調査を行います。

• Colony-EZ は、精製プラスミドではなく細菌を出発材料とする全プラスミドシーケンスサービスです。
• 追加料金にて、シーケンス前にプラスミド調製を行います。

• 寒天培地上のコロニー
  • 寒天培地上にコロニーを播種してください。
  • コロニーを丸で囲み番号を振るか、ランダムピック用として未指定でも構いません。
  • 寒天培地はパラフィルムで封止し、輸送中の損傷を防ぐために緩衝材を使用してください。
  • コロニーが小さい、または視認できない場合は、処理前に 37°C で一晩培養します。
• 液体培養
  • 一晩培養（8～16 時間）した液体培養液 100 µL を、200 µL のストリップチューブで送付してください。
  • 培養液が十分に濁っていない場合は、37°C で一晩培養します。
• 水中ピックコロニー
  • 大きめのコロニーを培地を含まない 10 µL の水（H₂O）のみにピックしてください。
  • サンプルは目視で濁っている必要があります。
  • ※ プラスミドが低コピーの場合、この方法ではシーケンスに失敗する可能性があります。
• グリセロールストック
  • 提出するサンプルは濁っている必要があります。
  • 濁りが不十分な場合は、37°C で一晩培養してから処理します。

• 詳細については、サンプル提出ガイドラインをご参照ください。
• ガイドラインに従わないサンプルは、シーケンス失敗や低品質データの原因となる可能性があります。
• これらのガイドラインに従うことを強く推奨します。

• 高コピー数プラスミド（15 kb 未満）を推奨します。
• 37°C で増殖可能な菌株を提出してください。
• 特殊な培養条件を必要とする菌株は、良好な結果が得られない場合があります。

• Colony-EZの結果は、Plasmid-EZの通常解析期間に加えて1営業日が追加されます（目安：2～4営業日）。

• 使用するプラスミド調製物は非精製（unpurified prep）であり、後工程に適さない可能性があるため、本サービスでは返却していません。
• 調製済みプラスミドの返却が必要な場合は、カスタマーアカウントの Plasmid DNA Preparation セクションから Standard Prep を注文し、Plasmid-EZ 検証（verification）を選択してください。